SD Islam Al-Muhajir merupakan satu-satunya pendidikan dasar dibawah naungan Dinas Pendidikan yang mampu mengkolaborasikan pendidikan formal dengan pendidikan pola pesantren.

Lembaga Pendidikan SDI Al-Muhajir Randuagung di inisiasi oleh KH. Zainul Musthofa, M.Pd yang merupakan seorang praktisi pendidikan khususnya dalam pengelolaan pendidikan islam.
 
Berangkat dari sebuah keprihatinan akan melunturnya karakter dan budaya pada seorang anak akibat salah dalam memaknai era globalisasi dan salah asuh dalam mendidik anak. Maka kemudian didirikanlah lembaga pendidikan yang penekanannya adalah pembentukan karakter. 

Budaya santri yang menjunjung tinggi nilai (adab) dalam berperilaku sebagaimana yang diajarkan dalam Islam di adobsi kedalam kurikulum pendidikan formal untuk mencetak karakter siswa sebagai generasi penerus bangsa.


Dalam empat tahun sejak berdirinya pada tahun 2014, Model pendidikan yang digunakan SDI Al-Muhajir dianggap mampu membentuk karakter peserta didik yang berprestasi secara akademik dan berbudi pekerti (ber-Akhlaqul karimah) dengan mejunjung tinggi norma agama.

Keberhasilan pola pendidikan SDI Al-Muhajir semakin menambah kepercayaan masyarakat untuk menaruh putra dan putrinya menempuh pendidikan dasar di SDI Al-Muhajir Randuagung.

Di usianya yang ke-4, SDI Al-Muhajir sudah banyak berkiprah dalam prestasi akdemik maupun kegiatan ekstra di tingkat Kabupaten dan sudah mendapatkan AKREDITASI dari Badan Akreditasi Nasional (BAN S/M). 

Tahfidzul Qur'an dengan metode Rumah Tahfidz (PPPA DARUL QUR'AN) merupakan salah satu kegiatan pendidikan karakter siswa yang sampai saat ini sudah melahirkan generasi generasi muda penghafal Al-Qur'an. 

Untuk mendukung kegiatan akademik berbasis karakter, SDI Al-Muhajir juga melibatkan wali murid untuk berpartisapasi aktif dalam proses pendidikan anak, diantaranya dengan kegiatan pengajian rutin setiap jum'at dan home visit tenaga pendidik untuk memantau secara langsung sikap dan perilaku siswa dalam berinteraksi dengan keluarga dan lingkungan.